A Freguesia de Pedro Miguel situa-se num extenso vale, entre a Lomba dos Frades  e a Lomba Grande , é atravessado pela Ribeira de Pedro Miguel.

Esta localidade Deve o seu nome a um certo Pedro Miguel, certamente um dos seus primeiros habitantes. No sítio de Grota Funda, uma cratera vulcânica onde foram encontrados fragmentos de carvão vegetal. Junto dela, situa-se uma fonte.

Num alvará datado de 7 de Agosto de 1590, passado pelo Rei D. Sebastião, no qual concede ao seu vigário a côngrua de 25 mil réis por não exceder a 100 fogos. Teve um fortim denominado Forte Baixo, para vigiar o seu pequeno cais piscatório. Segundo frei Diogo das Chagas, em 1643, a freguesia de N. Sra. da Ajuda tinha 384 habitantes, distribuídos por 113 fogos.

No ano de 1867, a actividade pecuária e a indústria de laticínios era uma importante fonte de rendimento na freguesia. Chegou-se a fabricar grande quantidade de manteiga para exportação. Era ainda cultivado cereais e os mais variados géneros alimentícios, e alguma laranja. Em 1871, Pedro Miguel tinha uma população de 1 757 habitantes, distribuídos por 425 fogos. Tinha então 2 escolas de instrução primária, uma masculina e outra feminina. Juntamente com as freguesias da Ribeirinha e da Praia do Almoxarife, formavam um “distrito de Juiz de Paz” e era sede da Assembleia Eleitoral das ditas freguesias.

A sua igreja foi grande parte destruída com o Sismo de 9 de Julho de 1998 e pelo incêndo que lhe sucedeu. Era um templo espaçoso, de 3 naves e uma fachada apresentando uma torre sineira ao centro, destacada, formando um átrio de arcadas, em frente à porta principal, a igreja dedica a sua capela-mor a N.ª Sra. da Ajuda. Segundo Silveira Macedo, nela se conserva o sacrário com o SS.º Sacramento os 2 altares laterais, dedicados, um ao Bom Jesus e outro, à Sagrada Família. (História das Quatro Ilhas que formam o Distrito da Horta)

O Jardim Botânico do Faial, criou o Núcleo de Pedro Miguel na parte alta da freguesia, para reforçar o seu objectivo no estudo e na conservação da flora açoriana (inserida na área da Macaronésia). Pretende-se criar em Pedro Miguel, um Museu Etnográfico.